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05/02/2012

Nasa : la bactérie shootée à l'arsenic a du plomb dans l'aile !

Rappelez-vous, le 2 décembre 2010 tombait sur Internet un communiqué de la Nasa :

"Une découverte en astrobiologie qui aura un impact sur la recherche de preuve d'une vie extraterrestre. ne conférence de presse doit suivre."
http://www.nasa.gov/topics/universe/features/astrobiology...

 

La blogosphère s'enflammait, les Ufologues et autres fanas des ovnis exultaient ..., le Nouvel Obs titrait : "La Nasa découvre une nouvelle forme de vie extra-terrestre ".

 

Une certaine Felisa Wolfe-Simon, chercheuse en "astro-biologie", recrutée en 2010 par la NASA et pressée de se faire un nom avait en effet découvert en 2009 une souche de bactérie bizarre dans le lac Mono (Californie), quelle avait prénommée GFAJ. GFAJ, oui bien sûr comme " Get Felisa a Job ".

 

mono_lake01-09.jpg

 

Felisa avait ensuite eu l'idée de shooter cette bactérie à l’arsenic, pour voir comment elle réagissait. Et Felisa prétendait constater que le poison s'intégrait sans dommage au coeur même de la machinerie microbienne, y compris dans l'ADN et dans le carburant cellulaire, l'ATP. D’où le communiqué du 2 décembre 2010.

Après ce premier coup médiatique réussi, Felisa et son équipe réussisaient à faire publier un article dans la revue Science du mois de juin 2011 :

"Science 3 June 2011, Vol. 332 no. 6034 pp. 1163-1166
RESEARCH ARTICLE : A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus

AUTHORS : Felisa Wolfe-Simon, Jodi Switzer Blum, Thomas R. Kulp, Gwyneth W. Gordon, Shelley E. Hoeft,Jennifer Pett-Ridge, John F. Stolz, Samuel M. Webb, Peter K. Weber, Paul C. W. Davies, Ariel D. Anbar, and Ronald S. Oremland

ABSTRACT : Life is mostly composed of the elements carbon, hydrogen, nitrogen, oxygen, sulfur, and phosphorus. Although these six elements make up nucleic acids, proteins, and lipids and thus the bulk of living matter, it is theoretically possible that some other elements in the periodic table could serve the same functions. Here, we describe a bacterium, strain GFAJ-1 of the Halomonadaceae, isolated from Mono Lake, California, that is able to substitute arsenic for phosphorus to sustain its growth. Our data show evidence for arsenate in macromolecules that normally contain phosphate, most notably nucleic acids and proteins. Exchange of one of the major bio-elements may have profound evolutionary and geochemical importance."

 

Où en sommes-nous un peu plus d'un an après ?

Comme pour l'affaire des "neutrinos qui vont plus vite que la lumière", le soufflé est retombé, au point que la quasi totalité de la presse, y compris scientifique n'en fait plus mention. Pourtant, très vite après le communiqué de la NASA, les spécialistes du domaine avaient pointé des insuffisances méthodologiques dans la démonstration de Felisa Wolfe-Simon et de son équipe.

"Rosie Redfield, microbiologiste à l'université de Colombie-Britannique, a vite pris la tête de la contestation. Sur son blog, elle a reproché à Science de n'avoir pas exigé ces vérifications avant de publier des résultats aussi spectaculaires. Comme d'autres sceptiques, elle a adressé à la revue un "commentaire" critique, qui a donné lieu comme il se doit à une réponse de l'équipe de Felisa Wolfe-Simon : celle-ci maintenait ses conclusions initiales.

La suite logique consistait donc à tenter de reproduire ses résultats, de façon indépendante. C'est une démarche en principe classique : elle permet de vérifier que les observations sont solides. Mais ce n'est pas toujours fait, car le temps passé risque de n'être guère productif, en termes de publications : les revues scientifiques veulent de l'inédit, pas la copie conforme de résultats publiés auparavant.

S'il existe une chance que le résultat initial soit invalidé, le risque mérite cependant d'être couru. Rosie Redfield a donc demandé des échantillons de GFAJ à Felisa Wolfe-Simon et s'est lancée dans la réplication de l'expérience. Mais elle l'a fait sous une forme inédite : elle a utilisé son blog pour faire partager au public et à la communauté des microbiologistes toutes les étapes de ce "remake".

Rosie Redfield est en effet une adepte de la "science ouverte", un mouvement qui souhaite, dans la lignée de l'open source en informatique, faire partager au plus grand nombre le processus de la production scientifique. Dans cette mouvance, certains vont jusqu'à mettre en ligne leur cahier de laboratoire, avec toutes les données brutes. Ce n'est pas le cas de Rosie Redfield, mais la lecture de son blog a offert pendant des mois un aperçu fascinant de la science en train de se faire.
http://rrresearch.fieldofscience.com/

Où en est-on ? Les ultimes vérifications menées par un étudiant de Princeton, en collaboration avec la chercheuse canadienne, ne montrent aucune trace d'arsenic dans l'ADN de GFAJ. La messe est-elle dite ? Interrogée par Nature, la rivale de Science, Felisa a répondu qu'elle "ne (comprenait) pas entièrement les résultats et les conditions d'expérience du site Web", et a dit espérer que ceux-ci seront publiés dans une revue à comité de lecture, "car c'est ainsi que la science progresse le mieux". Rosie a donc soumis, le 30 janvier, un manuscrit à Science. Celle-ci relèvera-t-elle le gant ?"

"La bactérie "Give Felisa a Job" sur le gril d'un blog", LE MONDE SCIENCE ET TECHNO | 03.02.12 |  

 

"La critique la plus brillante, extrêmement bien documentée et solide a été de Dr Rosie Redfield, microbiologiste à l’Université de British Columbia. Elle a dressé une longue liste de problèmes dans le papier et l’a qualifié de « beaucoup de charlataneries, mais très peu d’informations fiables ». Parmi les problèmes cités, remarquons  le phosphore présent dans des concentrations très élevées dans le milieu de culture des bactéries ainsi que le manque total de vérification que les bactéries ne l’absorbent pas, et une analyse incorrecte de l’ADN censé être composé d’arsenic.

Le même jour, Alex Bradley, un géochimiste et microbiologiste à l’Université de Harvard,soulevait une autre préoccupation, à savoir l’instabilité dans l’eau des composés contenant de l’arsenic. Il a également mentionné la mauvaise analyse de l’ADN et a rappelé que la spectrométrie de masse aurait dû être utilisée afin de clore le débat étant donné que cette technique est une façon très précise de déterminer quels sont les éléments contenus dans une molécule."

http://owni.fr/2011/01/12/intoxication-mediatique-a-larse...

 

La connaissance : "une croyance vraie justifiée par suffisamment de preuves"

Toute cette affaire pose le problème de la validité et de l'intégrité des publications scientifiques. Comme dans les domaines de la santé ou du climat, les enjeux financiers et le poids des lobbies sont tellement forts qu'ils aboutissent au non respect des principes de l'éthique scientifique en matière de publication.

Ces règles, après un débat approfondi au sein de la communauté scientifique ont fait l'objet d'une publication : La Déclaration de Singapour sur l'Intégrité en recherche

La Déclaration de Singapour résulte des travaux de la seconde conférence mondiale sur l'intégrité en recherche. Cette déclaration, qui énonce 4 principes et 14 responsabilités que les chercheurs du monde entier devraient suivre, concerne particulièrement les institutions de recherche alors que le public attend de plus en plus une conduite responsable des activités de recherche.

 

De Lyssenko à Jacques Benveniste, en passant par Fleischmann et Pons, la liste des promoteurs de pseudo-sciences est trop longue pour rester indifférent.

Il faut saluer les initiatives comme celle d'Alan Sokal en 1997 (Publication avec Jean Bricmont, du livre Impostures intellectuellesOdile Jacob(ISBN 2-253-94276-6)) et l'ouverture de blogs comme celui de Rosie Redfield aujourd'hui.

 

Commentaires

Un autre exemple dans l'actualité des sciences:

passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2012/02/07/dispute-autour-dune-planete-qui-nexiste-peut-etre-pas/

Écrit par : Thomas | 07/02/2012

Oui, il y aurait beaucoup à dire dans le domaine de la recherche des exo-planètes. Mais heureusement cela s'est un peu calmé du côté des ovnis.

Écrit par : Marto | 07/02/2012

Bonjour,il ce pourrait même qu'une vie végétal puisse ce servir de cette élément pour formé une base différente de la notre,comme le pense certains chercheurs,ainsi on peu dire de les production autres que celles a oxygène ont gagné la première guerre biologique qui a conduit l'évolution ver des organismes qui utilisaient cette élément dominant (nous) et les autres sont restaient aux state bactérien,inférieur au règne des protistes et des champignons "sauf de rares cas très isolé qui aurait put ainsi être dominant dans leur zone rétreinte de vie(grotte sous-marine ou terrestre)."

Écrit par : SERIN | 28/04/2012

c'est les bactéries qui produisis l'oxygène qui a gagné pas les autres (erreur)

Écrit par : SERIN | 28/04/2012

ont peu ajouté que l'Azote de "l'air" et l'Hydrogène "de l'eau" soit des gaz (peut-être le soufre mais il ce situe dans les production de base sur toutes planète rocheuses) qui favorise une production qui dégaze de Oxygène.

Écrit par : SERIN | 28/04/2012

le volcan DALLOL est un bon exemple des éléments de base pouvant servir a la vie pour ce développé suivant les milieux liquide de la planète "méthane pour Titan(planète froid,(ne reçoit pas de chaleur lumineuse,production de fusion minéral) hydrogène pour la Terre (reçoit la chaleur ,proche du Soleil)"

Écrit par : SERIN | 28/04/2012

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